1965年的印尼军政府之所以大肆屠华，导火索是当时军方与苏加诺总统、以及印尼共产党的政治摊牌——即印尼史上著名的“930”政变。在这场政治搏杀中，以苏哈托少将为代表的军方大获全胜，苏加诺总统从此沦为傀儡，而作为苏加诺盟友的印共，则被军方强力清缴，包括党领袖艾地在内的三十万党员被杀，党组织被摧毁，印共从此走向败亡。
之所以如此，是基于以下几方面原因：
首先，中国对印尼的影响力，主要构建在共产主义这个意识形态的基础上，而并非民族和血缘。所以当时与中国亲密的，主要是印共这个以底层印尼土著为主要拥趸的无产阶级政党，以及苏加诺政府。虽然印尼华人也有一些参加了印共，甚至苏加诺政府，但这种加入也是基于自身政治信仰或者阶级属性，并不代表印华这个族群与印共、苏加诺形成合作。
基于这种逻辑，虽然不乏印华个体加入印共乃至苏加诺政府，但作为一个族群，尤其是这个族群中占据大量社会资源的主流势力，绝不可能成为当时的中国政府，以及苏加诺、印共的拥趸。所以，苏哈托所谓印华与印共政变有瓜葛的说法，仅仅是一种借口罢了。他之所以如此，完全是基于自身利益考量。
面对这种困局，苏加诺政府的手段是扶植印共，借印共之手，一方面可以打土豪分田地，削弱这些传统地主的势力，剥夺它们的资源；另一方面，则可以从苏中这两个外部势力手中获取援助（这个是直接给苏加诺中央政府的），增强中央政府的实力。
可现在，苏哈托为首的军方软禁了苏加诺，剿灭了印共，这样一来，土改搞不成了，苏中的援助没有了。这种情况下，苏哈托就得面对一个问题：它拿什么来支撑自己的集权甚至独裁？
当然，苏哈托有军队，但军队也要用钱养。如果强行用军队去夺土著地主的利益，那首先必然会引发全国内战；其次，这本身就是自毁长城——毕竟很多军官本身就出自地主阶级，而且地主阶级也是支持苏哈托上位的一大势力。
所以，苏哈托不能用武力强行解决问题。在这种情况下，它就必须另寻财源——而这个目标，就是华人。
基于上述考虑，苏哈托在绞杀印共后，顺带着对印华举起了屠刀。二十万印华沦为刀下之鬼，而他们多年积累的财富，也就进了军政府和国库，和苏哈托们的腰包。
只不过，在65屠华结束后，印华与苏哈托军政府的关系，又出现了一个奇迹般的转折——两方居然重归于好！
这是为什么？其实这还是双方共同利益决定的。
就苏哈托而言，在通过大屠杀捞够了钱和政治资本后，他依然要面临一系列问题：接下来印尼该怎么走？自己的独裁将如何长久维持？
首先，苏哈托的军政府需要钱来维持。虽然屠华可以捞一大笔，但这只是一次性的买卖，用不了多久就会坐吃山空。所以工商业依然要发展，印尼的工业化也必须启动。
由于印华没有政治势力，只能依赖军政府才能生存，所以苏哈托们就可以在大发横财的同时，增加中央政府对社会资源的掌控力度，这样既增加了中央政府的权威，又可以推动社会经济的发展。相反，印尼的土著地主，由于在经济变革过程中被印华竞争，其经济上的生存空间自然缩窄，实力相对削弱，最终会走向没落，进而作为一个阶层被自然消解掉。
这就是苏哈托的如意算盘。而就印华而言，他们的边缘少数族群地位，以及印尼土著民众对他们的排斥，决定了他们必须有一个强势靠山才能存活。所以，即便苏哈托当年的屠华之举十分可恶，但在苏哈托放下屠刀、抛出橄榄枝后，印华出于自身利益考量，也只能选择依附于军政府，成为它们的附庸。
这就形成了印华现代史上畸形的“主公制度”——苏哈托一方面将华人的政治文化权利剥夺殆尽，另一方面却又在经济上放宽了对华人的限制，简单的说，就是华人企业家提供资金和技术，印尼裔的军政官员提供经营许可证和政治保护。