一座佛寺，何以用青龙为名呢?说来话长。很久以前，生性鲠直的沪河龙王膝下空虚，久无子嗣。过了很长很长时间，才有了一个龙太子，因其混身墨黑，因此起名叫“小青龙”。小青龙从小受到父母娇惯，心性变得十分焦燥、暴虐。小青龙在冥顽胡闹中长大后，便爱上了北边的泾河龙女。但因泾河龙王要用龙女去攀附东海龙王，不肯低就地把龙女许配给渺小的沪河小青龙，因此“好事”便这样地耽搁下来。小青龙想念泾河龙女心切，每日里都从河里翘起头来向北眺望，希图望见泾河龙女的倩影。加上了解他心意的泾河龙女每每躲过其龙父的监视，跳到了泾河岸边梳洗她那长长飘散入水中的秀发，因此，小青龙往往能望见泾河龙女的倩影，还能与龙女久久地眉目传情哩。
但是，好事多磨，汉高祖刘邦决定建都长安后，萧何率人筑起了庞大高耸的未央宫，随后又建起了建章宫，而且翻修加高了长乐宫。三大宫殿群遮住了小青龙眺望泾河龙女的大部分视线，使他只能从宫殿群之间的缝隙中眺望自己的心上人。他恼怒万分，暴跳如雷，叫嚷着要去攻毁宫殿，扫清眺望的障碍！但被鲠直的沪河龙王严厉地喝止住了。从此，小青龙只能在宫殿群的空隙中眺望他的所爱了。到了汉惠帝刘盈时，征发男女十万筑起了城垣高矗、庞大无比的长安城。这就完全挡住了小青龙与泾河龙女含情相望的视线。小青龙狂怒，决心不顾一切地攻毁长安城，把城中之人全部生吞活剥，以解心头之恨！这天晚上，他刚要出龙宫前去攻城，便被严防着他出外惹祸的父亲扯住了。沪河龙王苦口婆心地劝说他，答应托人给他说邻近的灞河龙女为妻，小青龙不听；沪河龙王又用不能残害人、毁坏城池，这是要违犯天条的大罪，会被 夷斩全族的等等天法律条去开导，威胁他。但无法无天惯了的小青龙哪里肯听这些，还挣扎着要出宫上岸、去攻城吞人！沪河龙王无奈，只好喝令虾兵蟹将龟将军一拥而上，用铁索练子把小青龙捆绑起来，时刻派兵看守。
三天后的后半夜，沪河龙王和看守小青龙的虾兵们都疲劳不堪地睡去了。小青龙趁机变细身躯从铁索的捆绑中慢慢脱出身来(原来，由于龙母的苦苦央求，虾兵们手下留情，没有用铁索穿捆小青龙的锁子骨)，慢慢地溜出龙宫，从浴汤登岸，向京城长安攻来。由于他出发的迟了，因此攻到离长安城还有二十多里的地方时，雄鸡长啼，此起彼应，闹成一片，小青龙身困体乏走不动了。他气得长吁短叹起来。他这一叹气不打紧，直把固若金汤的长安城吹得摇晃起来！正在打盹的京都总城隍一下被晃醒了!他跳上云头一看，吓得面如土色，—急忙驾云上天宫奏明玉皇大帝。
玉帝正在饮酒娱乐，懒得管事，便推脱说，这小青龙神通广大，只有王母娘娘能够降服，别人谁也奈何他不得，叫他去求王母帮忙。
都城隍在天宫里未找到爱玩乐的王母，后来，听说她在瑶池，使又匆匆地赶到昆仑山巅的瑶池。谁知不巧，正逢上王母娘娘在设蟠桃盛宴、款待各路神官仙长，对他的禀报和请求不予理睬。王母娘娘吃喝得兴高彩烈，都城隍却急得象热锅上的蚂蚁。因为眼看日落西山，王母的盛宴未散，而天一擦黑，歇了一天的小白龙便要攻城了！
坐在靠门处的牡丹仙子，见门外的这个老头儿急得团团直转，汗流满面，猜想他一定有天大的急事，便走出去，向长安都城隍问明了情由，但她自己也仅仅是个花草小仙子，不敢冒然打搅专横的王母的兴致、去奏明下界之事，那样，自己的仙籍、生命难保不说，还会误了援助长安城的大事！这位牡丹仙子是个心地善良、急公好义，又聪明颖慧之人。她眉头微微一皱，吩咐都城隍在门口稍等，她进去想想办法。她满脸堆笑地走近王母身边，一边为喝得醉醺醺的王母斟酒、捶背，一边为王母唱歌佐酒。直到王母醉得睡意朦胧之时，她借扶母之机，悄悄地摘下王母头—亡的金簪，藏在袖筒中，寻机走出门外交给了都城隍，并附耳告诉他使用金簪的方法等事。
天刚擦黑，僵卧的小青龙正在蠢蠢欲动，要一跃而起摧毁长安城！正在这千钧一发之时，都城隍驾云斛斗趔趄地赶到长安城南，举起王母娘娘的金簪在小青龙的头上刮了三下，小青龙便顿时垂头散爪地被钉死在那里，变成了一道土原，头尾鳞爪依稀可辨，被人们叫作“青龙山”。
这样过了好几百年，到了隋朝兴起时，隋文帝杨坚不愿在汉长安城居住，兴建大兴城，他担心这早已化为土原的小青龙再起身攻城，便依照国师们的建议，在“青龙山”原头，即小青龙的头上修筑庞大的灵感寺镇住它。
空海(公元774——835年)在青龙寺拜惠果法师学习真言密教传，空海苦心学习中国佛教密宗文化，又努力钻研中国汉学。他学识渊博，造诣深厚，在佛经、诗词、梵文、书法等方面都有很高的成就。公元806年他回国后，带走大批佛学经典和其它书籍。在日本奈良东大寺建立了日本的密宗–真言宗。设立道场，弘扬密宗，成为日本起王母娘娘的金簪在小青龙的头上刮了三下，小青龙便顿时垂头散爪地被钉死在那里，变成了一道土原，头尾鳞爪依稀可辨，被人们叫作“青龙山”。
这样过了好几百年，到了隋朝兴起时，隋文帝杨坚不愿在汉长安城居住，兴建大兴城，他担心这早已化为土原的小青龙再起身攻城，便依照国师们的建议，在“青龙山”原头，即小青龙的头上修筑庞大的灵感寺镇住它。
由于当时统治阶级的大力扶持，佛教在唐朝有很大的发展。唐长安城佛寺的兴盛，几乎是空前，其佛教传播之广不仅在国内，而且对国外也产生了一定影响，尤其对当时的日本佛教界影响极大。青龙寺即是传播唐密颇有影响的寺院之一。青龙寺在9世纪出达到鼎盛，它是日本佛真言宗的祖庭，是日本人心中的圣寺。日本平安朝时期(9世纪出至中叶)，日本人到唐求法的“学问僧”、“请益僧”颇多，其中著名的八人，本称之为“入唐八家”。而其中的六家空海、圆行、圆二、惠运、圆珍、宗睿到长安后即在青龙寺受法，其中以空海最为有名，由于空海博综众艺，对日本文化教育贡献甚大，又是日本真言宗的开山鼻祖，因此，民间尊称空海是日本的“孔子”。
青龙寺空海纪念碑