御花园里的古建精巧，花木扶疏，奇石假山玲珑剔透，犹如人间仙境。园内的古柏很多，而且大多是桧柏。因桧柏成树后，姿态古朴虬蟠，为皇家园林所青睐。
御花园内最著名的一棵古柏是位于天一门内久负盛名的“连理柏”，它为清乾隆年间种植。这棵“连理柏”是由两棵古柏组成，双柏的主干跨在北京的中轴线上，双干相对倾斜生长，上部相交缠绕在一起，成为一个巨冠。而且树干相交的部位已融为一体，成为一棵树。人们历来视树木的连理为忠贞爱情的象征，唐代大诗人白居易有脍炙人口的佳句“在天愿作比翼鸟，在地愿为连理枝”，因此这棵树倍受帝后们的喜欢，末代皇帝溥仪和皇后婉容曾在“连理柏”前照过合影。如今，很多游览故宫的情侣们，都会在“连理柏”前留念。
在“连理柏”上还有一绝妙景观：从树的北边看，树上西侧的一个大枝，其扭曲处很像一只猴头。这棵连理柏是乾隆皇帝受意所植，其双柏的连理也是经人工整形而致。而有趣的是，在天一门正南的大铜鼎前，也有两棵古柏，它们相对倾斜向上的两个大枯枝远看仿佛相交，不过近看其实并未相交。另外，在故宫东部的景福宫里，南北两个月亮门前各有一棵清乾隆年间的“连理柏”，这两棵“连理柏”分别和月亮门融为一体，成为独特的景观。
御花园内其他的古柏大都植于明代，距今四五百年。其中名柏有摛藻堂旁有“遮荫侯柏”，相传它也曾随清乾隆皇帝下过江南，并为其遮荫。乾隆在《古柏行》中诗云：“摛藻堂边一株柏，根盘大地枝擎天。八千春秋仅传说，阙寿少言四百年”。万春亭北有古藤缠古柏的“驼峰柏”，这棵驼峰柏也是一棵连理柏，为明代所植，但双柏早已枯死。在双柏的北侧种植一棵古藤，这棵古藤已三百多年，是北京最古老的古藤之一。古藤的枝干爬满双柏的巨冠，在夏秋时节绿叶满树，远远望去，整个树冠很像骆驼的双峰。万春亭西有“凤凰柏”，园北的延晖阁旁有“大肚罗汉柏”，园西边从南到北一字排开，矗立着18棵“十八罗汉柏”。这些古柏棵棵都雄伟壮观，气宇非凡。
乾隆花园里有百余棵古树，有古楸、古柏、古松、古槐以及丁香等。这些古木中，尤以古华轩前的“古华楸”名气最大。它在明朝嘉靖年间种植，距今已四百多年。
楸树因其花呈紫红色，有“紫气东来”之寓意，一直被道教视为“仙木”，并在道观中广泛种植楸树。而嘉靖皇帝崇信道教，因此，他下旨在宫内广植楸树。乾隆花园的古华轩正是乾隆皇帝下旨为宫内的古楸树“古华揪”而修建，乾隆还为“古华楸”写有楹联一幅和题匾诗四首。楹联为“清风明月无尽藏，长楸古柏是佳朋”。题匾诗之一云“树植轩之前，轩构树之后。树古不记年，少言百岁久……”对联和匾额诗至今悬挂在门前和轩内。
古华楸高矗在古华轩的门西侧，它的主干向东倾斜，如今已用一根长长的铁管支撑起来，正好和古华轩融成一景。在古华轩的西侧假山石上，也挺立着两棵古楸树，它们比古华楸还粗大。
慈宁宫花园里也有百余棵古树，花园门内的两棵明代古银杏是北京市区内最古老的银杏。院内的紫、白玉兰是慈禧心爱之物，咸丰皇帝曾给园内咸茗馆前的玉兰题诗云：“咸茗馆前三月半，紫云白雪玉玲珑……”
故宫的英华殿是宫内从事佛事活动的主要地方，所以这里植有两棵明代的佛门圣树“菩提树”（它们也是北京的“古菩提树之最”）。这两棵树相传为明万历皇帝生母慈圣李太后（即京剧《二进宫》中的李艳妃李娘娘）所植，其中碑亭东边的一棵，因在弯曲的横干上，又向上生长着九个大枝，故名叫“九莲菩提树”。
李太后在宫中好佛事是出名的，她把自己比喻为“九莲菩萨”的化身，经常到“九莲菩提树”下祈福祷告。据《清宫述闻》载“明代英华殿，有菩提树二，慈圣李太后手植也。高二丈，枝干婆娑，下垂着地，盛夏开花，作金黄色，子不于花羝生，而缀于背。深秋叶下，飘扬永巷……”在《天启宫词》中有句“依殿荫森奇双树，明珠万颗映花黄。九莲菩萨仙游远，玉带王公坐晚凉”。乾隆皇帝写有《英华殿菩提树诗》，并刻在碑上立于殿内，今诗碑仍在。后来，乾隆皇帝又在乾隆二十六年（1761年）写下《英华殿菩提树歌》。