相比三孔，尼山孔庙要低调得多，它位于曲阜市东南约28公里处的尼山东麓。据资料介绍，尼山原名尼丘山，因孔子名丘，为避圣讳，故名更名为尼山。其山并不高大，海拔仅有300余米，正可谓“山不在高，有仙则名。水不在深，有龙则灵”。因这里诞生了我国伟大的思想家、政治家、教育家孔子，所以这座并不算巍峨的小山，却成为名扬世界的儒家名山。
大成殿
尼山孔庙总共有五进院落，里面的殿堂共有80余间。前为石构棂星门，门前石桥旁建碑亭，立有《重修尼山孔子庙记》碑。最著名的建筑是大成殿，是祭祀孔子的主要场所，始建于宋庆历三年，现在我们看到的是清道光年间重修的建筑。大殿为单檐黄瓦歇山顶，檐下有斗拱，前檐柱为石质，八角形，每面均为浅刻小幅云龙。殿内供奉孔子及四配，神龛及塑像为1989年复制，原像等在“文革”初期被毁。殿前有元代石幢，记载了当时的修庙、祀庙的历史情况。
观川亭始建于金明昌五年，现在我们看到的建筑是清朝重修的建筑。整体为方形，木架无斗拱，单檐灰歇山顶。观川亭东临沂水，下临悬崖，视野开阔，凭栏远眺，似乎还能感受到当年孔子在此望川的情景。
启圣殿前有两棵古柏，据工作人员介绍说，其树龄已超过千年，是唐朝（甚至更早些时候）栽植的，见证了多年朝代的更迭，而这座孔庙却依如昔年一样，每天都会迎来五湖四海的儒家门客前来参观祭祀。
尼山书院
在尼山孔庙的后面，有一座尼山书院，是历代儒家学者讲学的地方，据史书记载，书院之名始于唐代，而书院制度却形成于宋朝，而尼山书院也在宋代兴起，之所以建筑在尼山孔庙之后，主要是因为孔子是历代尊崇的文化圣人，故有特别意义。尼山书院为学长（正八品官衔）管理，以《四书》、《五经》为基本教材，为一地方的教育中心，为著名学者研讨学问的胜地。
夫子洞
在观川亭东侧崖下，有一个曾名为“坤灵洞”的天然山洞，相传孔子曾在此降生，所以后人都将其称为“夫子洞”，这也是这个景区的一大著名景点。相传孔子的母亲在尼山祈祷之后，不久便怀孕了。然而当孔子出生后，因为孔子的母亲与父亲年龄相差太大而不被世人接受，加上孔子的父亲觉得孔子长的太丑，故而将其遗弃于尼山的这个天然石洞之中。
“龙生虎养鹰打扇”的传说是否真实存在，我们无法考证，但有趣的是，这个并不算大的石洞中，却有着天然形成的石床、石枕，仿佛真的有人在里面生活过一样。现在这个石洞已经被列为曲阜市级重点文物保护单位，外面还用木栅栏围了起来，游客只能远观，而不能你元代杨奂《东游记》里所记载的人“持火曳绠而入“，去”比三数丈，忽隙间有光，睹一室，口广两楹许”。