欧洲人大多信仰基督教，而基督教诞生于罗马帝国境内，提倡人与人之间要忍耐、顺从和包容，因而，被罗马的统治阶级所利用，成为了罗马国教。
经历了这突如其来的巨大冲击，天主教也在内部反思，他们认为：要想稳定住自己的势力范围，就必须进行自身的改革和完善。
罗耀拉不再赞同罗马教会的陈规陋习，比如：苦修、斋戒、统一服装等，他大胆创新，灵活多变，有着自己独到的眼光和远见。主张从事社会、经济、政治各个领域的各种事务，比如：创办学校、医院，投资工商业，进行科学研究等，还可以进行海外传教。
罗耀拉把自己的一生忠诚地奉献给了宗教事业，到他1556年去世时，其会士已经遍及世界各地。其中，到中国的传教士中，影响比较大的有利玛窦、汤若望、南怀仁等。尽管，耶稣会对教皇是绝对的忠诚，但是，他们还是能够积极参与政商学各个阶层的活动，所以，从另一层意义上来说，耶稣会的传教也是一种文化交流。他们通过自己的文化活动，促进了东、西方文明的交流与融合。
对于中国而言，虽然，后来的鸦片战争和列强入侵打破了这种和平交流，但是，两种文明曾经的碰撞却意味深长，特别是最早到达东方的传教士沙勿略，他的传教思路对后来东西方文化的交流，产生了深远的影响。
耶稣会在宣传天主教教义和从事科技活动的过程中，不知不觉就偏离了主导方向。
利玛窦来到中国的初衷是：在中国这块神圣的领土上传播宗教，并至死侍奉天主。然而，当他以从事科技活动，使传教能够顺利进行时，无形之中便本末倒置，把注意力转移到了这方面。后来，传教士汤若望、南怀仁等，也因为传播西方的科技文化，得到了中国方面的重视。
另外，传教士还利用西药治愈了康熙皇帝的疟疾，使西医也得到了中国人士的好评。南怀仁在天文历法和火炮方面造诣颇深，深得康熙皇帝的赏识，成为了康熙的科学启蒙老师，并且，负责当时天文台的研究工作，为天文科学和火炮研究做出了很大贡献，被封为工部侍郎，官至正二品。
这些来华的传教士，在传教的过程中，尽力遵从中国的习俗，允许教徒拜天祭祖。然而，他们的这一行径，却直接引起了罗马教廷的愤慨，罗马教廷认为：拜天祭祖是迷信活动，与教义相违背，并斥责传教士失职，要求他们回到西方进行辩论。
对此，传教士们写好了关于中国信仰和文化方面的答辩文章，说明了拜天祭祖是中国人的礼仪，并非迷信。康熙皇帝在看了这些文书后，也是大加赞赏，非常支持他们，并对文书给予了高度评价。