晚清留学生本是一个传统的人，他到日本留学时，虽然有不给张之洞下跪的壮举，但骨子里仍然是对清朝怀有好感的。留学日本之前，在武昌停留的10余天里，黄尊三感到时光虚掷，实在可惜。因而，在启程赴日的轮船上．他就开始了苦读生活。一路上，他除了不时地学习日语之外，也时常翻看《水浒传》、《红楼梦》、《随园诗话》等中国经典名作。留学生到日本后，一般需要先从基础知识学起当时，鲁迅、许寿裳、黄尊三等留日学生皆是如此。
黄尊三到日本后，先进入弘文学院，然后进入早稻山大学普通预科，二年后考入明治大学学习法律。黄尊三在赴日之前，虽然有张之洞要求行跪拜之礼产生的不快，但初到日本之时，他对清朝仍然抱有希望，仍然坚持通过自己的努力，将来回国为朝廷效力的观念。
1905年，“取缔规则”发生之时，黄尊三接到同乡会的一封邀请函，邀请他一起商量对策。当时，留学生中提出罢课以敦促日本政府取消“取缔规则”已经成为一种呼声。黄尊三接到邀请函后，参加了湖南同乡会关于“取缔规则”问题的讨论，会上．许多同学主张“以停课要求，若日本政府不许，则全体退学回国”
对于这样的观点，黄尊三表示反对，他认为，湖南同乡会应该认真调查日本政府取缔留学生的原因、规则的具体内容以及其他省同乡会的意见态度，正所谓没有调查就没有发言权。黄尊三的观点较为理性，但其他同学坚持认为不必调查，就是要停课，最后通过举手表决的方式，多数举手通过停课，然后学生们一哄而散。12月初，在留学生停课的风潮中，黄尊三的内心十分矛盾、仿徨，他不知道自己该何去何从。在其他省同乡会纷纷响应停课回国的行动中，湖南同乡会也作出决定，“全省留日学生，一律退学回国”这个决定，让黄尊三的内心更加矛盾，他虽然也在志愿归国书上签字表示愿意罢课回国，但他感到学业因此而荒废，内心不免忧心忡忡。他在日记中写道：
自取缔规则起，无一日舒展，日既废学，夜不成眠。晚，辗转床褥，呼天长叹，念古人学书学剑，能以一艺自成其志，余求学无地，救国无才，茫茫天壤归将安为？思至此泪潸然下。
停课的日子，他痛感光阴的流逝，也为自己的前途深深地担忧。取缔规则事件平息后，黄尊三于1906年3月返回日本，他决心把失去的时间找回来，他抛弃一切杂念，专心读书，希望学成以后报效祖国。此时，他对于革命党在日本的活动并不赞赏，认为，革命固然是在救国，但救国并非空言革命就能成功，贵在实行。他认为认真求学，才能救国。以至于同盟会骨干宋教仁前去劝说他加入同盟会，也遭到黄尊三的婉拒。黄尊三说，革命与求学，实难两立，“余学业正在半途，今何可遽弃。”
对于革命党人的革命救亡活动，黄尊三当时也有自己的见解。他说，职分二字，最要认清，现在同学们大多抛弃学问，整日奔走于青年会、同乡会，整日宣扬救亡。以学生之力最终没能实现救亡，而学业却已荒废。这是没有认清自己的职责所造成的啊。
但是，自1909年初，他的观念开始发生重大转变。促使黄尊三观念发生转变的契机，是1909年4月孙中山到日本东京神田金辉馆的一次演说。
自1908年到1911年，革命党领袖孙中山为革命活动频繁地行走在从亚洲到欧美的旅途之中。1908年11月中，光绪皇帝和慈禧太后相隔一天先后亡故。光绪皇帝没有子嗣，在他去世之前，慈禧太后决定由光绪的亲侄儿溥仪继承大统，年号宣统。溥仪年仅三岁，他的父亲醇亲王载沣以摄政王的身份辅佐朝政。载沣是一个没有能力却又刚愎自用的人，他辅佐朝政后冷落汉人，推行皇室集权政策，使得朝野上下矛盾更加突出，激起了各省督抚的不满，甚至朝廷中的一些满族官员对他也是心生怨怼，这使得清王朝的矛盾更加突出。
此时，频繁策动革命起义的孙中山感到“虏家子母相继死亡，人心大动，时局可为”，可惜财政比较困难，便于1908年11月20日从新加坡赴暹罗（泰国的古称）筹款。不料，暹罗当局勒令他离境，孙中山又只得返回新加坡。
虽然清王朝为了维系自己的江山稳固，处处设法打击革命力量，但不管清廷怎样挣扎，它的灭亡是必然的了。在革命的烽火中，各地同志纷纷策划起义，在国外的留学生也更加希望聆听孙中山的教诲。当时，国内一些省份的革命党力量派出代表专门到新加坡听取孙中山的指示。孙中山吸取了以往的教训，叮嘱各地同志“养足实力以待之”。
1909年初，他一方面制订今后的革命方略；一方面将国内一切计划委托黄兴、胡汉民施行。他感到，要革命成功，自己必须亲赴欧美，解决财政、外交两大问题，得到国外各界的支持。
在赴欧美之前的1909年4月，孙中山再次来到东京，留日学生听说孙中山再度来到东京，非常高兴，在神田锦辉馆集会，举行了隆重的欢迎大会。当时，参加集会的有600多人，黄尊三也参加了这次欢迎大会。
会上，孙中山发表了激情洋溢的演说。这次欢迎大会上，孙中山先讲述自己的革命经历，又说现在的形势非革命不足以救国。孙中山侃侃而谈，会场上，学生们秩序井然，毫不凌乱。
黄尊三站在学生当中，虽然久久站立，但是也不觉其苦。他被孙中山豪迈的革命热情所感染。这次孙中山的演讲之后，黄尊三的思想开始渐渐地倾向革命，他感到，单纯地靠刻苦攻读并不能改变祖国的命运。