（1）转让定价调查风险
跨国企业为提高核心竞争力，通过全球内部供应链整合集团资源实现协同效应，其面临的突出税务问题是集团间关联交易的转让价格。从税务风险管控的角度，集团之间的关联交易，应重点分析其是否具有合理商业目的与经济实质，是否遵循独立交易原则;应从交易双方分别进行受益性分析，查看交易的真实性和必要性，确认并非重复提供或重复支付、并未从其他关联交易中获取补偿，且为接受方创造价值，否则，可能面临转让定价风险。
(2)受控外国企业调查风险
新加坡是全球知名的低税率国家，企业所得税实行 17%的低税率，并享有各种扣除，股息或资本利得不纳税。企业投资新加坡，除考虑投融资平台外，通常还会考虑设立资产管理公司，以其名义持有的股份、资金和无形资产获取股息、利息和特许权使用费等消极所得，相关所得缴纳税款较低甚至不缴纳税款，相关利润长期留存公司账面不做利润分配汇回，实现延迟纳税，甚至长期体外循环寻求永远不纳税。从税务风险管控角度，资产管理公司名义持有的资产是否符合经营实质、是否构成受控外国企业均为相关国家税务当局关注的重点。当下各国对境外所得税务管理日益加强， 受控外国企业认定标准越来越宽泛，境外企业纳入管理范围越来越宽，积极所得与消极所得划分标准日趋复杂，境外所得纳入调整对象越来越多， 企业应更加关注巨额境外所得长期不分配的合理性。
(3)资本弱化认定风险
跨国企业综合考虑两国税制差异与投资回收方式后，通常会通过实施全球范围的目标资本结构(即加权平均资本成本最小的资本结构)，谋求集团利润最大化。根据新加坡税法规定，新加坡目前尚未对资本弱化出台相关法规，跨国企业在新加坡经营暂无资本弱化风险，但仍需给予一定的关注。
(4)混合错配风险
混合错配安排是指利用两个或两个以上税收管辖区对同一混合实体或混合工具在税务处理上的差异，产生税收结果错配，从而减少参与方总体税负的安排。混合错配安排可能导致一方扣除而另一方不计收入、双重扣除和间接性一方扣除、另一方不计收入。在经济全球化的环境下，各国政府将倾向于采取严厉措施来解决税基侵蚀与利润转移的现象，中和混合错配安排的效应。因此，从税务风险管控角度，跨国集团在今后的税收筹划里应充分考虑混合错配行动计划的相关规定，有效防范税收风险。
(5)无形资产风险
研发环节最为突出的税务问题是所研发技术性无形资产的权利归属。跨国企业通常以合约转移、功能剥离等形式将集团无形资产或相关权利转移至无商业实质的公司、低税或无税地区、旨在获取专项税收优惠的主体运营公司等。从税务风险管控角度，当前多数国家(地区)倾向从全球价值链和价值贡献角度(而非法定所有人角度)分析，确定无形资产相关利润归属，企业上述运作模式潜在巨大税务风险。其中，并购重组后既有无形资产与未来待开发无形资产的利润分割亦受到关注。
(6)非境内注册居民企业认定风险
一般来说，各国企业所得税法通常将纳税人区分为居民企业和非居民企业。居民企业负有无限纳税义务，应就全球范围内的所得在注册国交税; 而非居民企业仅负有限纳税义务。投资于新加坡的企业是中国的居民企业，还是投资所在国的居民企业，其身份认定的不同，会直接导致企业纳税义务的不同。由于不同国家(地区)对居民企业的认定标准有所差异，因此在给企业选择纳税身份提供了一定税收筹划空间的同时，也为企业带来了很大的税收风险，如果不从企业全局利益出发进行纳税人身份认定，企业很有可能会而临重复征税的风险。