1957年8月31日，马来西亚联合邦首席部长东姑阿杜拉曼宣布马来西亚联合邦独立，结束了被英国殖民的历史，1963年，马来西亚联合邦会同新加坡，沙巴，砂拉越组成了新的马来西亚，东姑阿杜拉曼被推选为首任首相，马来西亚开始了新的征程。但仅仅过了两年，新加坡便退出了马来西亚，独立建立了新加坡共和国，这是为何？
一，合并历史
1959年6月3日，新加坡自治邦成立，作为自治邦首任总理的李光耀明白，新加坡地狭人少，很难发展，相邻的马来西亚拥有更广阔的空间，于是李光耀积极促成与马来西亚联邦的合并。为日后新加坡发展提供强力的保障，也能更好的铲除新加坡的马共势力。于是在1963年7月，李光耀和东姑阿杜拉曼在伦敦就新政府的成立达成协议，一个新的马来西亚诞生了。
二，种族问题
尽管两国都曾经属于英国的殖民地，但是马来西亚是以马来人为主导的国家，新加坡则华人居多。独立后的马来西亚以马来人为优先，有意忽视和打压新加坡华人，这使得华人大为不满，要求种族平等，获得和马来人一样的待遇和福利，显然，马来人并没有这么做，于是爆发了许多的抗议，滋生太多矛盾，加剧了马来西亚的不稳定。
三，政治问题
加入马来西亚后的新加坡想要谋求在政治上的平等地位，后来的新加坡国父李光耀曾要求参与马来西亚的各种内政，新加坡人可以出任政府官员，并享有和马来人同等的参政权和选举权，这本无可厚非，但是此举遭到了东姑阿杜拉曼和马来高层的反对，使得李光耀大为不满，为后来的退出埋下了伏笔。
四，利益冲突
合并初期，两国关系亲密无间，合并后的马来西亚联邦政府帮助新加坡逮捕了多名马共高层，消除了新加坡日益壮大的马共势力，解决了李光耀的政治威胁。然而，奉行马来优先的马来西亚处处将新加坡排出在外，这让李光耀大为光火，不仅如此，两个联邦的民众经常发生冲突。时常爆发种族骚乱，两个联邦在经济，政治等多个重大决策上产生重大分歧。最终东姑阿杜拉曼为了避免可能发生的诸如战争等问题，决定将新加坡“逐出”联邦。1965年，新加坡宣布独立建国。
两国的经济都曾在90年代获得腾飞，虽然后来的经济危机冲击了两国的经济，但两国的经济仍有可增长性。尽管合并失败，但两国直到现在，都保持着良好的关系，这，也是对当年的一种慰藉。