1942年新加坡的沦陷是对大英帝国殖民体系的一次沉重打击，丘吉尔战后回忆说，整个二战期间，新加坡失守是他最感痛心也是情绪最低落的时刻。这个号称永不会陷落的“远东堡垒”的沦陷震惊了所有还沉浸在帝国残梦中的英国人。
如果说新加坡失陷对于英国殖民者来说是一记沉重的心理重拳，那么对于生活在这个弹丸小岛上的数十万华人而言，则是一场真实的噩梦。
自1937年日本发动全面侵华战争起，230万新马华人就全力支持祖国抗战。据华人领袖陈嘉庚估算，抗战初期5年，华侨直接汇款回国给家人加上义捐之数达到50亿元，而1939年国民政府全年战费不过18亿，南洋华侨贡献之巨，可见一斑。更有许多华侨回到国投身抗战一线。
日本军部早就对新马华人欲除之而后快。
占领新加坡后，日本第25军司令官山下奉文便与参谋长铃木宗作中将、参谋主任杉田大佐等人一起策划了对新加坡华人的“肃清行动”，要求全岛日军在三天内肃清以下人员：
1.曾经在南洋华侨筹赈会中积极活动的人士;
2.曾经最慷慨地捐输给筹赈会的富裕人士;
3.南洋华侨救国运动领袖陈嘉庚的追随者;
4.海南人(在日本人眼中，海南人均属共产党分子);
5.凡在中日战争以后来到马来亚的中国出生华人(他们被认为或参加过抗战，或厌恶日军侵略及逃避日军征用而离开中国的人);
6.凡是纹身的男性(在日本人看来，纹身的男子都是私会党徒);
7.凡是以义勇军之身份，帮助英军抵抗日军者;
8.公务员以及可能亲英之人士;9.凡是拥有武器，并尝试扰乱治安之人士。
1942年2月17日，山下奉文命令新加坡警备司令河村三郎：“将潜伏着的持敌对态度的华侨连根铲除，以绝我军作战的后顾之忧。”参谋长铃木则明确指示：“判定出敌对分子后，当即处置(死刑)”。
2月18日，残酷的大“肃清”开始了。日军对新加坡市区进行划区封锁，强令各区华侨，不分男女老幼，携带一周粮食，前往7个集中地接受甄别。不到3天，7个集中地的学校、工厂、住宅、街道都挤满了华人。白天烈日曝晒，夜晚寒风侵肌，华人在死亡的恐怖中，心惊胆战地等待着审查。仅仅几天，就有一百多人被挤死，闷死。
尽管有《抗日华侨名册》(新加坡的日本侨民和柔佛州警方有关人员提供)和汉奸的协助，但要在短短三天内，从七八十万华侨中甄别出五六万名“抗日分子”，那是绝对不可能的。整个甄别过程实际上充满了“儿戏”——只盘问职业者有之;以貌取人者有之;抽签抓阄者有之——总之，是生是杀，完全随“皇军”意志支配。
日本陆军中鼎鼎大名的战争狂人政信当时正担任马来方面作战处主任参谋，他也是“肃清大屠杀”的主要推动者。2月22日，政信巡视了负责惹兰勿杀地段“肃清”工作的日军部队。在听说大西觉的分队只甄别出了70人后，政信大为光火，严厉斥责道：“你还在磨蹭什么?我是要全新加坡一半人(的命)!”这一句话便让大西觉的分队一口气抓了几千人，塞满了几十辆汽车，风景宜人的樟宜海滨遂成屠场。
海南华侨是被重点搜杀的对象，因而遇难的比例特别高，1947年4月《新加坡大“肃清”案战犯审讯记》曾有这样的记述：“芽笼区则为日军施虐最残酷惨毒之地区也。华侨居民不问男女老幼，均被驱步行往直落占老之英校草场，忍饥耐渴，曝日露宿。凡二日，妇孺乃得释回。男子蹲踞草场，任曝骄阳，稍一动弹，拳足交加，甚或驱上罗厘(货车)，每车三五十人不等，一去不返。及至22日，凡经检出之教员及识字者、公务人员、义勇军、南来不及五年者、有五万以上资产者及海南人等，均被载往锡叻七里半处屠杀，为数之众，为各区之冠”。
“肃清大屠杀”中，究竟有多少华人被残杀?
1945年9月，英国随军记者博比·杰克逊认为人数达到5万。同月11日，《星洲日报·总汇报》引用日本占领马来亚时期出版的《彼南日报》提供的数字，说“新加坡检举不良分子7万余人”。日本历史学家永三郎在他的《太平洋战争》一书中，引用了1942年出版的《朝日东亚年报》提供的资料，也说新加坡被甄别出的华侨有7万名。1947年3月10日开审的战犯法庭上，控方根据登记所得，指控日军屠杀了5000以上的华人。但咨询局及华人团体都认为不止此数，由于“全家遭难或遇难者原属单身，或大人遇难只余童稚，均无从填报，或认为无甚用处，不欲填报”，实际遇害人数要比登记数目大得多。柔佛州苏丹医生班德拉博士在递交给远东军事法庭的书面证词中就断言：“我相信，在新加坡除去军人外，有15万以上的亚洲人被日本警察秘密处死或拷打致死。”
1946年，山下奉文被马尼拉特别军事法庭处以死刑;马来亚战俘收容所司令官，参与“肃清”的福莱中将在樟宜海滩被枪决;1947年，7名参与新加坡大屠杀的日本战犯受审。最后，河村三郎中将和大石正行中佐两名战犯被处绞刑，西村琢磨中将、大西觉少佐等5名战犯被判无期徒刑。
新加坡独立后，当地的华侨曾强烈要求日本对“肃清大屠杀”进行道歉和赔偿，但最后只拿出5000万美元作为赔偿，官方仍然拒绝道歉。
新加坡“肃清大屠杀”是太平洋战争中规模最大的屠杀平民事件，它与马尼拉惨案和南京大屠杀一起被列为二战日军屠杀平民的三大惨案。1967年2月15日，日本占领时期死难人民纪念碑正式落成。每年的2月15日，即日军占领新加坡的那一天，成千上万的新加坡人都会来到纪念碑公园，焚香烧烛，祭奠亡灵。