近日有网友发现，京东商城下架了神舟电脑自营旗舰店全部商品，消费者无法在神舟电脑京东自营旗舰店搜索到任何商品。有媒体报道称，神舟与京东目前仍就双方的货款一事在商谈，寻求解决方案。双方均表示暂时不再接受对外采访，所有官方发布的信息均以此前的最新回应为主。
神舟电脑表示，京东去年双11要求“二选一”被拒绝，随后对神舟产品进行降价销售。结算时，京东要求神舟支付1559万元返利，神舟不同意此部分返利，京东就扣下了神舟全部货款。
本月20日，神舟电脑宣布起诉京东之后，@京东电脑数码 回应称，因神舟违反双方签署的产品购销协议条款，导致其未结算货款被暂缓支付。自2月10日以来，我们与神舟一直就争议问题进行沟通。我们希望大家在遵守契约精神的前提下，合理合法地解决分歧。
2月20日，神舟宣布正式起诉京东，原因为北京京东世纪贸易有限公司拖欠3.383 亿元货款。深圳市神舟电脑股份有限公司董事长吴海军评论并转发此条微博，称欠账还钱，天经地义。