石林世界自然遗产有着优美的自然生态环境，它集高原、喀斯特、亚热带半湿润山地季风气候为一体，表现为土山生态、石山生态、湖泊生态等多种自然生态系统。

石林以石称奇，但更为奇秀的是，在奇峰异石之间，星罗棋布着许多形状各异、大小不同的池塘和天然湖泊，水中有石、石出于水，刚柔相济、相托互衬，给石林景区增添了几多情趣、几分灵性。秀丽的景色、和谐的生态，实为世界喀斯特地貌之珍品。