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重磅!阿里达摩院AI缩短疑似病例基因分析至半小时

截至2月2日13:04,疫情实时数据显示:确认病例14418,疑似病例19544,之余病例339,死亡病例304,治愈首次超过死亡。

达摩院算法专家顾斐博士在疾控中心基因检测分析现场

当前,全国新型冠状病毒肺炎疫情依然严峻,快速、精确诊断对于疫情控制尤其重要。 公开信息显示,该病毒是基因组序列最长的病毒之一,全基因组序列全长29847bp,临床诊断需要将患者样本与该病毒基因序列进行比对才能确定诊断结果。

目前医院普遍采用核酸检测方法,其只能检测到病毒基因的局部。 由于病毒存在变异的可能性,对于整个基因序列来说这种检测方法犹如盲人摸象,一旦病毒发生变异,就可能出现漏检的情况。

设置基因检测分析参数

达摩院算法专家专业解读:

Q: 这一平台有何特点?

A: 此次研发的自动化全基因组检测分析平台属于高通量测序,平台由阿里巴巴达摩院联合杰毅生物共同研发,可以给浙江省疾控在新型冠状病毒疫情防控上提供了全自动建库和分布式计算分析能力。杰毅生物开发了全自动高通量测序建库仪,把整体常规人工需要12小时的工作缩短到2个小时。每次测序过程会产生海量的数据,达摩院采用分布式设计的分析算法,样本基因分析的速度由数小时缩短到半小时;同时,由于采用分布式算法,病毒拼接的速度由30分钟-1小时缩短到15-30分钟。除此之外,不同于传统核算检测方法,这一平台还可以检测到病毒的全貌,避免因为病毒变异造成的漏检情况。

Q: 达摩院团队提供的算法有哪些价值?

A: 达摩院针对新冠病毒基因的特征进行了分析,基于pdb等公共数据集的数据进行算法的优化训练。本次分析病毒检测和病毒变异部分主要基于开源算法,设计分布式算法以加速分析流程。病毒序列拼接完成后,通过设计BiLSTM+DNN的方式训练模型预测病毒蛋白二级结构。同时,达摩院还在研究基于序列的蛋白质三维结构预测模型以及药物筛选模型 。

延伸:阿里还利用AI算法还干了哪些事?

1. 智能疫情机器人答疑解惑

日前,阿里巴巴达摩院已经宣布研发了“智能疫情机器人”。该产品用于“浙里办”APP上线的应对新型冠状病毒感染肺炎的专门平台上。

据悉,当选取“网上智能问诊与人工服务”时,后台机器人几乎能够秒答所有疫情问题,比如什么情况下需要就医、浙江省定点医院都有哪些,怎么选用口罩、怎么检查口罩的气密性、口罩用完了如何处理等等。

据相关负责人介绍,该产品上线第一天,网上智能问诊服务对用户咨询的解决率超过92%。目前,智能疫情机器人同时支援了浙江、黑龙江、山东济南等地。

2. 向全球公共科研机构免费开放一切AI算力

除了搭建公共管理平台,阿里云的AI算力也开始发挥作用。

1月29日,阿里云宣布,在疫情期间,向全球公共科研机构免费开放一切AI算力,以加速本次新型冠状病毒肺炎疫情的新药和疫苗研发。

新药和疫苗研发期间,需要进行大量的数据分析、大规模文献筛选和科学超算工作。阿里云可以提供强大的AI算力,支持病毒基因测序、新药研发、蛋白筛选等工作,帮助科研机构缩短研发周期。