九仙信仰源于仙游九鲤湖，它是由西汉时期何氏九位兄弟结伴在九鲤湖修道有成而产生的。相传，西汉时，庐江有何氏九兄弟劝父归隐不成，遂结伴辗转至仙游九鲤湖，后跨鲤升天，竟能赐梦决人休咎。到了唐代，贞元十八年（802）进士、莆田人许稷曾作《咏九鲤湖》一诗，其诗曰：“道是烧丹地，居然云水居。山空人去后，梦醒客来初。”这是目前能找到关于九鲤湖祈梦习俗见诸记载的最早文字。此后，九鲤湖祈梦成风，至宋明时期达到极盛，天下才人士子纷纷登湖求梦，蔚为壮观。清宣统三年，因江口石庭“六生”在九鲤湖祈梦有得，乃在石庭创建九鲤洞，由是开启了九仙信仰九鲤洞之流派。
一、石庭九鲤洞
清宣统三年（辛亥岁，1911年），江口石庭人私塾先生荷丹生、药铺老板梅生、祖传中医牡丹生、地理先生方元生及另二位乡中富有者，俗称“六生”，有感于天灾人祸频发，为解乡亲困境，遂结伴前往仙游九鲤湖祈梦，希望仙公能指点迷津。
“六生”到了九鲤湖，虔诚祈祷，夜里不约而同梦到九仙显圣，竟然同时醒来，便按照九仙梦中授意，在九仙祠请了符箓法宝，返回江口石庭安奉在上方宫。后来，兴建一座“仙师楼”奉祀，并根据梦境中诸仙的面貌，雕成栩栩如生的法像金身，此处便称为“九鲤洞”。
二、顶旧厝九鲤分洞（亦称九鲤洞总镇）
民国26年（1937年），“六生”之一的地理先生方元生应信众请求，在顶旧厝方氏祖居设立九鲤分洞。随后，这里的信众又将其称为“九鲤洞总镇”。
三、九鲤洞总镇之分灵洞府
一、东南亚诸国
1.新加坡
民国27年（1938年），旅居新加坡的黄文径等江口乡亲，在海外首创“九鲤洞分镇”，并联合同乡学界人士成立“九鲤书学社”，弘扬道教文化。
惹兰九鲤洞分镇，位于新加坡惹兰丹波路五号，始建于20世纪70年代。由新加坡石庭同乡发起，联同印尼、马来西亚的同乡及信众集资购地兴建，遂为新加坡著名的道教宫殿。
仙公宫，据《道教场所·新加坡道教》记载：新加坡仙公宫分灵于1954年，兴建。
2.马来西亚
芙蓉坡东天宫，位于马来西亚森美兰州芙蓉市沉香路16号Ｇ，始建于民国27年（1938年）。民国27年（1938年），旅居马来西亚芙蓉坡的江口乡亲发起创建了“东天宫”，中殿崇奉石庭宫的文武列圣，左殿奉祀九鲤洞仙师，右殿供奉明安殿诸神。
槟城四条路九位仙祖坛，位于马来西亚88Ｄ,Lebuh TyeSin,Georgtown,pulau Pinang，始建于民国22年（1933年）。坛中主祀成何氏九仙、范侯公及玄天上帝、广泽尊王、关帝圣君、福德正神、济公活佛、中坛元帅、东海哪吒、哪吒三太子、北方三太子、阴府大爷、二爷等。
槟城大寺九位仙祖坛，位于槟城乔治市Georgetown,Penang，始建于1992年。坛中主祀何氏九仙及玄天上帝、北极仙祖、中坛元帅、二郎元帅、保生大帝、关帝圣君、妈祖娘娘、圣母娘娘、观音菩萨、清水祖师、张公圣君、齐天大圣、济公活佛、济公仙祖、广泽尊王、五雷天师、大伯公、千里眼、顺风耳等。
最高层为何氏九仙
3.印度尼西亚
丁宜九鲤洞分镇，位于丁宜，始建于民国35年（1946年）。民国35年（1946年），吴元礼于新加坡九鲤洞奉符箓法宝回印尼，乘火车返回约250公里的棉兰开教。时印尼人民正在反抗荷兰殖民统治，争取独立建国。当吴元礼奉符箓法宝乘火车到达丁宜时，突遇印荷军队对抗，交通中断数月，只好暂借丁宜某佛堂安奉符箓法宝。当时信众纷纷求问前途、吉凶疾病等，据传“无不灵验”。后因当地信众恳求，仙师留在丁宜，遂建“九鲤洞分镇”。经乡亲黄亚都、黄金榜等带头，历数年筹建而成。
棉兰东岳观，位于棉兰市苏加拉美，始建于20世纪50年代。在20世纪50年代，因江口和石庭的乡民多聚集于棉兰市，所以他们先后合力创建了两座规模宏大的东岳观，观中主祀注生大帝、玄天上帝，还设有设琼瑶宫，奉祀九鲤洞仙师及护法圣神。
奇沙兰九鲤洞分镇，位于奇沙兰，始建于1955年。1955年初，因奇沙兰距丁宜“九鲤洞分镇”有80公里，信众往返丁宜朝拜不便，便暂借“福莆仙会馆”的一间办事室供奉仙师神位。时医疗缺乏，九鲤洞成了县城内唯一中医医疗所，救死扶伤，深受信众崇拜。于是，关其洪、关祈源、黄庆霖、黄亚美等人开始着手筹建“九鲤洞”。1957年2月，规模宏大的“九鲤洞分镇”全面告竣，成为当地信众敬仰的圣地。
雅加达九鲤洞，位于雅加达五脚桥，始建于1959年。1959年，旅居雅加达的江口人专程到奇沙兰九鲤洞叩求仙驾降临印尼首都雅加达，并奉仙师法宝符箓回雅加达，暂奉于民居竹屋。时主持建洞的关亚标结义七兄弟、关元通兄弟、关玉清兄弟、关祈源、关元良、卓福焰、陈金瑞、陈金福、陈亚梦、黄瑞宝等人，在教友及同乡善信的大力支持下，历经三年施工，遂建成了规模宏伟的雅加达九鲤洞。
4.文莱伊斯兰君主国
据涵江区江口镇九鲤洞总镇的碑记记载，文莱九鲤洞曾有捐款给江口九鲤洞总镇。由是推之，文莱也建有九鲤分洞。只是，华文两国相距较远，无法掌握其具体情况。
二、香港地区
香港九鲤洞，位于香港大角咀，始创于2018年。同年，登记注册成立香港九鲤洞道教联合会。黄志耀担任香港九鲤洞道教联合会临时理事会会长。