X

速读 | 新冠研究7日进展

上周,中国以外地区的感染人数依然在不断上升。在研究上,病毒与疫苗研究都有相应的进展,疫苗已经开始进入临床试验,不过也有研究者提示不要急于部署无充分保证的疫苗和药物……更多的新发现让我们对疫情有了越来越清晰的认识。

整理 | 科技导报

3月16日

Nature:不要急于部署无充分安全保证的COVID-19疫苗和药物

以“Don’t rush to deploy COVID-19 vaccines and drugs without sufficient safety guarantees”为标题发表在《自然》世界观点上的论文建议 ,监管机构必须继续要求疫苗开发者检查动物研究中的潜在有害反应,而且必须先对健康的人类志愿者进行谨慎评估,先了解其是否对任何冠状病毒有抗体,才能招募他们参加疫苗安全性试验。资助机构应该谨防炒作,加大力度资助适当的冠状病毒药物和疫苗研发测试。还应考虑新发和再发冠状病毒引发未来疫情的可能性。作者姜世勃表示,我们必须尽快找到应对新冠病毒的方法,但始终要将安全性放在第一位。

Nature Biotechnology:科学家开发新型CRISPR技术的优化方案

纽约基因组中心和纽约大学Neville Sanjana博士领导的研究团队在《自然》旗下的学术期刊Nature Biotechnology上发表了一篇题为“Massively parallel Cas13 screens reveal principles for guide RNA design”的论文提到,科学家们对一种新型CRISPR技术做出优化,有助于快速准确地设计出高效的向导RNA,而向导RNA是CRISPR系统发挥作用极为重要的组成部分。由于这套CRISPR-Cas系统所用的酶靶向RNA分子,意味着它们可以有效针对以RNA为遗传物质的病毒,包括新冠病毒。针对纽约分离出的SARS-CoV-2病毒株,纽约基因组中心(New York Genome Center)和纽约大学(NYU)的研究人员在网站上公布了他们预测的最佳向导RNA,可以提供给检测和治疗等应用。

Nature Medicine:人体对新冠病毒的免疫反应与季节性流感类似

澳大利亚研究人员发表在Nature Medicine杂志上的“Breadth of concomitant immune responses prior to patient recovery: a case report of non-severe COVID-19”文章中,首次绘制出人体对新型冠状病毒的免疫反应图谱,称其与季节性流感相似,这是对抗这种全球杀手的一个潜在突破。

文章中报道了1例需要住院的轻中度COVID-19患者的临床和病毒学特征相关的免疫反应动力学。该病例是一名来自中国湖北省武汉市47岁的女性患者,在其症状恢复前血液中检测到增加的抗体分泌细胞(ASCs)、滤泡辅助T细胞(TFH细胞)、活化的CD4+ T细胞和CD8+ T细胞、以及与冠状病毒SARS-CoV-2结合的免疫球蛋白M IgM和IgG抗体,这些免疫变化在症状完全消失后至少持续7天。研究人员说,这些“与我们在流感患者中看到的非常相似”。

Lancet :建议使用现有的,经过批准的,具有公认安全性的疗法来识别和治疗过度炎症

英国伦敦大学学院Jessica J Manson团队在Lancet 在线发表题为“COVID-19: consider cytokine storm syndromes and immunosuppression”的通讯文章,该文章建议使用现有的,经过批准的,具有公认安全性的疗法来识别和治疗过度炎症,以降低死亡率。

总而言之,应使用实验室检测指标(例如,铁蛋白,血小板计数或红细胞沉降率)和HScore(表)筛查所有严重COVID-19的过度炎症患者,以改善死亡率的患者亚组。治疗选择包括类固醇,静脉内免疫球蛋白,选择性细胞因子阻滞剂(例如anakinra或托珠单抗)和JAK抑制剂。

Lancet :追踪和隔离新冠肺炎患者接触者至关重要

2020年3月16日,新加坡卫生部Rachael Pung等人在Lancet 在线发表题为“Investigation of three clusters of COVID-19 in Singapore: implications for surveillance and response measures”的研究论文,该研究发现增强监视,追踪和隔离新冠肺炎患者接触者对于最大程度地降低社区中广泛传播的风险至关重要。研究发现对于国家和城市在持续流行期间校准检测和响应工作至关重要。

Lancet:在COVID-19大流行期间,疟疾流行地区提前准备预防至关重要

2020年3月16日,屠呦呦团队在Lancet 在线发表题为“Preparedness is essential for malaria-endemic regions during the COVID-19 pandemic”的通讯文章,该文章指出防范是应对任何公共卫生危机的关键,疟疾流行国家必须做好准备应对COVID-19可能带来的挑战,同时最大程度地减少对疟疾控制的破坏。

Science :限制之前未被记录的新冠患者是已记录的5倍以上

2020年3月16日,伦敦帝国大学,哥伦比亚大学,加州大学戴维斯分校,清华大学,香港大学等多机构合作在Science 在线发表题为“Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2)”的研究论文,该研究结合流动性数据,网络化的动态人口模型和贝叶斯推断,结合在中国境内已报告的感染情况,推断出与SARS-CoV2相关的关键流行病学特征,包括未证明的感染率及其传染性。

该研究发现,在2020年1月23日旅行限制之前,所有感染中有86%没有记录(记录的占总感染人数的14%),未记录感染能力是已记录病例的感染源的79%。这些发现解释了SARS-CoV2在地理上的迅速传播,并表明对该病毒的遏制将特别具有挑战性。总而言之,该研究的发现强调了SARS-CoV2的严重性和大流行潜力。

medRxiv:A型血更容易感染新冠病毒,O型血风险更低

近日,来自武汉市金银潭医院、武汉大学人民医院、深圳市第三人民医院等机构的研究人员从血型角度出发,试图找出ABO血型与COVID-19易感性的联系。这项新研究发现,A型血的人更容易感染,O型血的人相对风险更低。相关研究以“Relationship between the ABO Blood Group and the COVID-19 Susceptibility”为题发表在预印本平台medRxiv(未经同行评审)上。值得注意的是,这是首个新冠病毒(SARS-Cov-2)感染和血型关系的研究。

BioRxiv:成功破译抗新冠病毒关键药靶三维结构

发表在BioRxiv的题为“Structure of RNA-dependent RNA polymerase from 2019-nCoV, a major antiviral drug target”的论文中,饶子和院士、杨海涛教授团队和蒋华良院士团队率先在国际上解析了首个新型冠状病毒蛋白质(主要蛋白酶)与抑制剂复合物的高分辨率三维结构,并在临床试验药物中发现了可以有效抑制新型冠状病毒的抑制剂。在此基础上,饶子和院士、娄智勇教授、王权教授等率先在国际上成功解析新型冠状病毒“RdRp-nsp7-nsp8”复制机器2.9 Å的冷冻电镜结构。

解析的复合物结构显示,新型冠状病毒的RNA聚合酶具有其他病毒RNA聚合酶的保守特征,并含有套式病毒(nidovirus)的NiRAN特征结构域;同时病毒RNA聚合酶与病毒的辅助非结构因子nsp7/nsp8组成了复制机器。研究人员还在新型冠状病毒的RNA聚合酶的N端首次发现了“β发卡”结构域,而这一结构域的发现为阐明冠状病毒RNA聚合酶的生物学功能又提供了新的依据。

研究团队通过对该原子分辨率结构的深入分析,提出了瑞德西韦的效应分子抑制新型冠状病毒RNA聚合酶的可能作用模式。

本研究首次勾勒出新型冠状病毒“RdRp-nsp7-nsp8”复制机器的内部构造,并为瑞德西韦的效应分子如何精确靶向复制机器的核心元件——病毒RNA聚合酶药物的机制提出了合理解释,这为深入研究新型冠状病毒复制的分子机理奠定了重要的理论基础,并为开发抗新冠肺炎的特效药开辟了新途径。

帝国理工学院:“群体免疫”举措最高或致 51 万人死亡

2020 年 3 月 16 日,帝国理工学院发布研究报告,题为 “Impact of non-pharmaceutical interventions (NPIs) to reduce COVID19 mortality and healthcare demand”。报告通过流行病学建模模拟疫情走势,并对不同策略下的感染数目进行了预测。结果显示,在不采取防疫措施的情况下,英国预计会有 81%的居民被感染,或导致 51 万人死亡;在采取了缓役策略且发挥最大效果的情况下,最终也会导致近 25 万英国人死亡,近 110-120 万美国人死亡。

3月17日

Nature:美国开展首个新冠病毒疫苗临床试验

以“Coronavirus latest: First vaccine clinical trials begin in United States”为标题发表在2020年3月17日的《自然》新闻上的文章称,北京时间3月17日08:30——美国开展首个新冠病毒疫苗临床试验,四名成年人接种了美国国家过敏与传染病研究所(NIAID)和马萨诸塞州一家生物技术公司Moderna联合研发的一种实验性疫苗。这四人是此次45名受试者中首批接种的。虽然是非常重要的一步,但一期临床试验只是证明疫苗安全有效这一漫长过程的开始。此次的实验性疫苗以信使RNA(mRNA)为基础,它能指导身体产生一种存在于新冠病毒外壳上的蛋白。研究人员希望这能引发对抗感染的免疫反应。

中国工程院院士王军志:我国新冠疫苗研发进展目前总体上处于国际先进行列,不会慢于国外

3 月 17 日下午,在国务院联防联控机制召开的新闻发布会上,中国工程院院士王军志介绍,我国新冠病毒疫苗科研团队已开始招募受试者:“我国已有(疫苗)研发进展比较快的单位,向国家药监局滚动递交临床试验申请材料,并且已经开展临床试验方案论证、招募志愿者等相关工作。待国家药监局按照有关法律法规审批后,开始临床试验。

NEJM :新冠病毒在塑料表面至少生存3天以上

2020年3月17日,美国国家过敏和传染病研究所Neeltje van Doremalen等人在NEJM 在线发表题为”Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1″的研究论文,该研究分析了SARS-CoV-2的气溶胶和表面稳定性,并将其与最紧密相关的人类冠状病毒SARS-CoV-1进行了比较。

该研究数据包含10种实验条件,其中涉及两种病毒(SARS-CoV-2和SARS-CoV-1),并在5种环境条件(气溶胶,塑料,不锈钢,铜和纸板)中进行了实验。所有实验测量均报告为三次重复的平均值。该研究发现SARS-CoV-2在塑料和不锈钢上比在铜和纸板上更稳定,这些表面后长达72小时仍可检测到活病毒,尽管病毒效价大大降低。

3月18日

medRxiv :昼夜温差越大,新冠肺炎患者死亡率越高

2020年3月18日,兰州大学公共卫生学院罗斌团队在预印版平台medRxiv 在线发表未经同行评审的题为“Effects of temperature variation and humidity on the mortality of COVID-19 in Wuhan”的研究论文,该研究收集了2020年1月20日至2020年2月29日在中国武汉市的COVID-19每日死亡人数,气象和空气污染物数据。然后,采用数学模型研究温度,湿度和昼夜温差对COVID-19日死亡率的影响。

在研究期间,武汉市共有2299例COVID-19死亡计数。COVID-19死亡率与昼夜温差呈正相关,而与相对湿度呈负相关。此外,昼夜温差每增加1个单位,COVID-19死亡率增加2.92%。总而言之,这项研究表明温度变化和湿度可能是影响COVID-19死亡率的重要因素。

NEJM :洛匹那韦–利托那韦的治疗未见超出标准治疗的益处

2020年3月18日,国家呼吸疾病临床研究中心王辰,中国医学科学院曹彬及武汉金银潭医院张定宇共同通讯在国际顶级医学期刊新英格兰医学杂志NEJM 在线发表题为“A Trial of Lopinavir–Ritonavir in Adults Hospitalized with Severe Covid-19”的研究论文,该研究进行了一项随机,对照,开放标签的试验,以评估口服洛匹那韦–利托那韦对SARS-CoV-2感染的疗效和安全性。

最终,在住院的重症Covid-19成人患者中,洛匹那韦–利托那韦的治疗未见超出标准治疗的益处。患有严重疾病的患者的进一步试验可能有助于确认或排除治疗获益的可能性。

SSRN:COVID-19可能引起与SARS不同的人体免疫反应

来自中山大学的研究团队在中山大学附属第五医院黄曦教授和中山眼科中心魏来教授带领下,初步完成了四例重症病人外周血内单核细胞(PBMC)免疫状态的单细胞转录组研究(scRNA-seq)。该研究以“Viral Invasion and Type I Interferon Response Characterize the Immunophenotypes during Covid-19 Infection ”为题发表在预印本SSRN上。

在观察了四例病人发病初期、危重期(ICU)、以及康复期等三个时期的样本之后,他们发现,多种免疫细胞中病毒入侵留下的痕迹以及Ⅰ型干扰素的下游基因表达被激活是危重期病人最明显的免疫特征。而病毒入侵免疫细胞的现象与新冠病毒受体ACE2在免疫细胞中的表达并无相关性,但与危重症的出现直接相关。而且,外周血内的干扰素-alpha总量与危重症的病程也密切相关。该研究首次描述了新冠病毒感染的危重病人的主要免疫特征。

在对新冠病毒感染引起相关免疫反应的研究中,他们发现了它与非典(SARS-CoV)感染的不同。在非典感染造成的免疫反应中,迟到的Ⅰ型干扰素激活是非典病毒致死的重要因素。而病毒载量和一型干扰素的含量均与危重期致死性肺炎症状无直接关联。相反,大量天然免疫与获得性免疫反应中活化的细胞因子风暴可能是非典致命的元凶。scRNA-seq研究揭示的病毒感染/一型干扰素激活可能与病程直接关联的现象初步提示,新冠病毒与非典引起的免疫失调可能有所不同。抑制病毒的感染与复制可能对控制新冠病毒感染的病情发展尤为关键。

3月19日

Current Biology:马来穿山甲可能是SARS-CoV-2类似病毒潜在自然宿主

2020年3月19日,云南大学张志刚团队在Current Biology 在线发表题为“Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak”的研究论文,该研究对之前发表的马来穿山甲病毒组学数据(该数据由2019年3月24日无法救护成功的穿山甲肺的样本获取)进行重新组装和全面系统地分析,发现这批马来穿山甲携带SARS-CoV-2相近的冠状病毒(命名为Pangolin-CoV),其与SARS-CoV-2和BatCoV RaTG13的基因组相似性分别为91.02%和90.55%。总而言之,这项研究表明穿山甲物种是SARS-CoV-2的天然库。同时,该研究也呼吁加强野生动物保护和管理,保护野生动物,就是保护人类自己。

3月20日

Science:首次获得新冠病毒蛋白酶结构,同时开发了抑制剂

2020年3月20日,德国吕贝克大学生物化学研究所Rolf Hilgenfeld团队在Science在线发表题为“Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors”的研究论文,该研究设计并合成了拟肽α-酮酰胺,作为β冠状病毒和α冠状病毒的主要蛋白酶以及肠病毒的3C蛋白酶的广谱抑制剂。

该研究报告了未结合的SARS-CoV-2 Mpro及其与α-酮酰胺抑制剂的复合物的X射线结构。根据结构,研究人员将先导化合物开发成为SARS-CoV-2 Mpro的有效抑制剂。优化抑制剂的药代动力学特征显示出明显的肺向性和适用于通过吸入途径给药的适应性。总而言之,α-酮酰胺吸入耐受良好,小鼠未显示任何不良反应,这表明将化合物直接施用于肺部是可能的。鉴于这些有利的药代动力学结果,该研究为开发含吡啶酮的抑制剂向抗冠状病毒药物提供了有用的框架。

Nature:超过6成新冠患者无症状,可能引起新一轮疫情爆发

2020年3月20日,国际顶尖学术期刊 Nature 发表了题为:Covert coronavirus infections could be seeding new outbreaks的报告,指出30%-60%的新冠感染者无症状或者症状轻微,但他们传播病毒的能力并不低,这些隐性感染者可能会引发新一轮的疫情大爆发。

明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任Michael Osterholm说:“了解无症状或轻症患者的比例对于我们了解是什么导致了这种特殊的流行病非常重要。”这与试图了解未报告病例数的研究小组有所不同,这些病例是由于当局未进行足够的测试而遗漏的病例,或者是携带病毒但尚未表现出症状的“临床前病例”。

为了评估隐性感染的程度,中国和美国的一组研究人员开发了一个模型,该模型使用了中国湖北省武汉市卫生委员会收到的2.6万例实验室确诊病例的临床数据。

3月21日

Lancet :医疗卫生工作者是每个国家最宝贵的资源

《柳叶刀》发表最新社论,号召保护COVID-19疫情中的医疗卫生工作者。文章指出,在未来很长一段时间里,全球医疗卫生系统可能会保持超负荷运转。但是,医疗卫生工作者不是呼吸机或病房,不可能紧急生产或以100%的入住率长期运行。在全球应对COVID-19疫情中,必须确保医疗卫生工作者的安全。提供足够的个人防护装备只是第一步,同时必须考虑其他切实可行的措施。目前,医疗卫生工作者是每个国家最宝贵的资源。