1949年中华人民共和国成立后，英殖民政府实行阻断新马与中国大陆往来的政策，使得新马地区华文学校的师资来源及高中毕业生的升学渠道遭到了前所未有的困难。此外，英殖民政府大力推行英文至上、排斥华文教育的政策，试图割断华人华侨的文化认同感，也一直令南洋华侨界忧心忡忡。在这种背景情况下，1953年初，新加坡福建会馆主席陈六使倡议创办一所华文大学，并首捐500万元，获得东南亚各地华人的响应。他曾说“吾人为维护华人文化之长存，实有创办华人大学之必要。”福建会馆将位于新加坡裕廊西的212公顷土地捐献出来作为校址，终于在公司法令下创办成立了“南洋大学有限公司”。南大在同年7月26日由陈六使主持动土，两年后竣工。
董事会最初拟聘曾任清华大学校长的梅贻琦出山，但后来聘请林语堂担任第一任校长。但林语堂和董事会意见不和，又嫌南洋大学经费不够，结果不欢而散。
1950年代至1960年代初，南洋大学在新加坡政府政策下得到发展。1958年4月23日，南洋大学学生会宣告成立。次年，《南洋大学法令》在新加坡议会获得顺利通过。1960年，第一届本科学生顺利毕业。
1950年以后东南亚的反共政治气候和新加坡政府崇尚英文至上、认为华文为中国的媒介语而排斥华文教育的政策下，以华文为主要教学语言的南洋大学，其毕业文凭不能得到平等待遇。
1959年，林有福政府宣布不承认南洋大学学位，导致政府与南大学生之间爆发了冲突。1960年代初，执政的人民行动党内左派领袖集体退党，成立社会主义阵线。人民行动党认为，社阵在各华校内发展组织甚至包括转入地下的共产党与政府对抗。1963年2月2日，新加坡政府开始冷藏行动，军警事先无经校方同意，私自闯入校园，大肆逮捕学生。在争执中，造成不少学生受伤，学生会召开大会，表示抗议。
1963年8月31日新加坡加入马来亚，成立马来西亚联邦。9月21日李光耀领导的人民行动党在州选中获胜。9月22日晚，新政府尚未正式组阁，州政府便宣布褫夺南洋大学理事会主席陈六使的公民权。9月26日新加坡政府派军警进入校园，剥夺《大学论坛》等六种刊物的出版权，逮捕五名在籍学生和七名毕业生。10月7日，南洋大学千余名学生集合到政府大厦前草地，向代总理杜进才呈递请愿书。1964年6月27日，三千名军警进入校园，逮捕了五十余名学生，封闭南洋大学学生会，学生展开绝食抗议。7月29日，南洋大学学生再次分别在新加坡大坡和小坡请愿，游行队伍被镇暴军警驱散。同时以校长吴德耀、文学院院长兼学生福利委员会主席严元章为代表的校方也展开护卫南大的活动。这一系列冲突使新加坡政府下定决心要对南洋大学进行大规模改组。
1965年，王赓武课程审查委员会报告书正式发表，建议南洋大学改用英国式的三年普通学位学制及增设荣誉学位，以取代原来的四年本科制。1966年4月25日，新学制开始实施；作为回报，政府于1968年5月25日宣布承认南洋大学学位。
1970年代，新加坡政府开始推行以英文为第一语言（教学媒介用语），包括华语在内的母语为第二语言的双语教育政策，除了导致华文教育在新加坡没落，也导致南洋大学的生源不断减少，质量也急剧下降，许多毕业生出现就业困难。1975年3月14日，教育部长李昭铭兼任南洋大学校长，对南洋大学进行彻底的改制，除中国语文科外，各院系的教学媒介语从中英双语改为单用英语。1980年7月7日，南洋大学和新加坡大学并未存在合并事宜，以为1981年该校颁发了最后一批文凭。并且新加坡政府多次考虑将该校从历史上改写为和新加坡大学合并，或者南洋大学自1981年改名为南洋理工大都受到了校友的强烈反对。
1980年8月16日，南洋大学举行第二十一届毕业典礼，从此走入历史。1981年，在原南大校址建立了南洋理工学院，并在1992年发展为现今的南洋理工大学。